O Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia iniciou suas atividades em 1991, ao nível de Mestrado, com a participação de 4 Unidades da Universidade de São Paulo (USP), além do Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo (IPT) e do Instituto Butantan da Secretaria de Saúde do Estado de São Paulo (IBu). A aprovação pela USP foi publicada no DO em 13/04/1991. Nessa ocasião, foram credenciados 26 orientadores, oferecidas 55 disciplinas e o Programa admitiu 14 alunos ingressantes.

A primeira avaliação do Programa pela CAPES ocorreu no biênio 1992-1993, na categoria Curso Novo (CN).
Em 1998, o Programa solicitou extensão para o nível de Doutorado aos órgãos competentes da Universidade de São Paulo. Tendo obtido aprovação em 23/10/98, os 6 primeiros alunos de doutorado foram admitidos em 1999.
Em 2001, durante a avaliação pela CAPES dos programas de pós-graduação no triênio 1998-2000, o Curso de Mestrado do Programa recebeu conceito 5, permitindo que fosse apresentada a proposta de implantação do Curso de Doutorado do Programa. Esta proposta foi aprovada pela CAPES em 18/03/2002.

Em 2016, em comemoração aos 25 anos de existência do Programa, que produziu 497 Dissertações de Mestrado, 294 Teses de Doutorado e originou 266 pedidos de patente, foi realizado um workshop especial no Instituto Butantan.

O Programa iniciou suas atividades em 1991, inicialmente em nível de Mestrado, com a admissão de 14 estudantes ingressantes. Em 1998, o Programa solicitou extensão para o nível de Doutorado aos órgãos competentes da Universidade de São Paulo. Os 6 primeiros estudantes de doutorado foram admitidos em 1999.

Em 2021, o PPIB completou 30 anos de existência. O PPIB está muito próximo de atingir a marca histórica de 1000 títulos (Mestrado ou Doutorado) concedidos.

A última avaliação da CAPES correspondeu ao período de 2013-2016 e o PPIB recebeu nota 5 tanto para o curso de Mestrado como para o de Doutorado.