O Departamento de Parasitologia surgiu em 1970, da fusão de quatro departamentos pertencentes às faculdades de Medicina, Odontologia, Ciências Farmacêuticas e Medicina Veterinária e Zootecnia.
O Departamento tem papel fundamental em redes nacionais e internacionais de pesquisa em Parasitologia e Medicina Tropical. Participa de quatro Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCTs) do CNPq (Entomologia Molecular, Vacinas, Biotecnologia Estrutural e Química Medicinal em Doenças Infecciosas e Genética Médica Populacional), além de grandes redes de pesquisa financiadas pelo CNPq, CAPES e FINEP, com foco em malária, leishmanioses e dengue. No âmbito internacional, o Departamento coordena estudos sobre tripanossomatídeos e malária na África, financiados pelo programa Pró-África do CNPq, além de participar de projetos financiados pela Comunidade Europeia, Organização Mundial da Saúde, Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas dos Estados Unidos e Fundação Bill e Melinda Gates.