A Seção de Tesouraria é responsável pelos pagamentos:
- Compras a vista por adiantamento;
- Convênios: CAPES (PROAP e PROEX), FAPESP e CNPQ;
- Assessorias;
- Auxílios.
Elabora prestação de contas dos adiantamentos, controla os saldos das contas bancárias de convênios e projetos e efetua recebimentos e recolhimentos de taxas e outros recursos.