Em 25 de janeiro de 1934, Armando de Salles Oliveira, interventor do Estado de São Paulo, criou a Universidade de São Paulo ao assinar o decreto-lei, elaborado por uma comissão na qual Fernando de Azevedo e Júlio de Mesquita Filho estavam presentes. A Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras foi criada pelo mesmo decreto, tornando-se o núcleo fundamental do sistema universitário.
A Universidade integrou todas as escolas superiores de formação profissional já existentes, tais como a de Direito, Medicina, Engenharia e Agricultura, que passaram a sofrer limitações em sua autonomia. Uma das incorporações efetuadas pela Universidade, foi a do Instituto de Educação, extinto em 1938 no Governo de Adhemar de Barros.
A implementação e consolidação do sistema universitário enfrentou resistências das antigas escolas superiores, o que desencadeou uma crise na Universidade de São Paulo, dificultando sua sobrevivência. A situação de hostilidade foi agravada com a vinda de professores estrangeiros, contratados por Theodoro Ramos. As missões congregavam professores franceses, alemães e italianos e, segundo Azevedo, garantiram a sobrevivência, o sucesso e a projeção da Faculdade de Filosofia.
Em 1941, Fernando de Azevedo foi nomeado Diretor da Faculdade de Filosofia, e por um decreto-lei, no mesmo ano, deu a esse Instituto a sua primeira organização, instalando a sua Congregação e criando seu corpo de funcionários técnicos e administrativos. Consolidou a sua estrutura, conferindo lhe estatuto próprio e tirando-lhe o caráter de provisoriedade que a deixava vulnerável. A publicação dos Boletins da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da USP, foi uma das iniciativas desse processo