A Área de Engenharia Hidráulica e Ambiental desenvolve pesquisas para o avanço do conhecimento técnico e científico voltadas para o conhecimento e integração do uso sustentável da água para o desenvolvimento das atividades humanas em todas as suas necessidades, o gerenciamento de resíduos sólidos, o planejamento e a gestão ambiental e as tecnologias ambientais aplicadas à prevenção e controle da poluição. As linhas de pesquisa compreendem o planejamento e a implantação de obras hidráulicas fluviais e marítimas em ambientes urbano e costeiro, o saneamento básico, a prospecção de modelos de gestão da água e efluentes, levando em conta o seu caráter transdisciplinar, o desenvolvimento e implantação de tecnologias para tratamento de água e efluentes industriais e domésticos, o desenvolvimento de programas de conservação e reúso de água, a gestão e o tratamento de resíduos sólidos, a recuperação de áreas degradadas, a inovação em tecnologias ambientais e o planejamento e gestão ambiental.