![\"\"](\"https:\/\/sites.usp.br\/proteomics\/wp-content\/uploads\/sites\/38\/2025\/12\/Captura-de-Tela-2025-12-04-as-10.49.33.png\")
<\/p>\nA plataforma de Espectrometria de Massas<\/b> da facility<\/i> GlycoProteomics and Structural Mass Spectrometry<\/i> (GPS-MS) \u00e9 constitu\u00edda por dois espectr\u00f4metros de massas:<\/p>\n
1. Thermo Scientific Orbitrap Ascend<\/b>TM<\/sup><\/b><\/span> <\/b>acoplado ao sistema de cromatografia l\u00edquida Thermo Scientific Vanquish Neo, sendo configurada para an\u00e1lise de modifica\u00e7\u00f5es p\u00f3s-traducionais (PTMs) e caracteriza\u00e7\u00e3o estrutural de prote\u00ednas. O espectr\u00f4metro de massas inclui os seguintes componentes: 1) Fonte NanoESI Proxeon EASY-Spray, 2) Fonte de \u00edons interna EASY-ETD (Electron-Transfer Dissociation), 3) Interface FAIMS Pro Duo (High-Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Spectrometry) e 4) Op\u00e7\u00e3o High Mass Range.<\/p>\n 2. Thermo Scientific Orbitrap Exploris 240<\/b>TM<\/sup><\/b><\/span> <\/b>acoplado com o sistema de cromatografia l\u00edquida Thermo Scientific Vanquish Flex, sendo configurada para an\u00e1lise bottom-up<\/i> and top-down<\/i> com a Op\u00e7\u00e3o Extended Mass Range. O Orbitrap Exploris 240\u2122 \u00e9 um espectr\u00f4metro de massas vers\u00e1til, configurado para abordagens de prote\u00f4mica bottom-up e top-down, acoplado ao sistema UHPLC Vanquish Flex para separa\u00e7\u00f5es cromatogr\u00e1ficas robustas e reprodut\u00edveis. Este sistema \u00e9 otimizado para an\u00e1lises de amplo espectro, desde pept\u00eddeos derivados de digest\u00e3o enzim\u00e1tica at\u00e9 prote\u00ednas intactas, gra\u00e7as \u00e0 op\u00e7\u00e3o Extended Mass Range, que permite a detec\u00e7\u00e3o de \u00edons de alta massa com precis\u00e3o. A resolu\u00e7\u00e3o de at\u00e9 240.000 (em m\/z 200) e alta velocidade de aquisi\u00e7\u00e3o facilitam a identifica\u00e7\u00e3o de esp\u00e9cies em misturas complexas. A flexibilidade de ioniza\u00e7\u00e3o, compat\u00edvel com ESI (eletrospray) e APCI (ioniza\u00e7\u00e3o qu\u00edmica \u00e0 press\u00e3o atmosf\u00e9rica), torna o sistema adequado para diversas aplica\u00e7\u00f5es. A combina\u00e7\u00e3o com o Vanquish Flex assegura gradientes precisos e baixa dispers\u00e3o, essenciais para an\u00e1lises quantitativas e de alta profundidade.<\/p>\n Ambos os sistemas operam com software Thermo Scientific\u2122 (Proteome Discoverer, Xcalibur), permitindo processamento avan\u00e7ado de dados, incluindo identifica\u00e7\u00e3o de PTMs (Post-Translational Modifications), quantifica\u00e7\u00e3o label-free e an\u00e1lise estrutural. Enquanto o Orbitrap Ascend\u2122 se destaca em estudos de modifica\u00e7\u00f5es p\u00f3s-traducionais e mobilidade i\u00f4nica (FAIMS), o Orbitrap Exploris 240\u2122 oferece maior versatilidade para prote\u00f4mica. Esta configura\u00e7\u00e3o \u00e9 ideal para an\u00e1lises que demandam alta precis\u00e3o, sensibilidade e capacidade de an\u00e1lise estrutural, cobrindo desde a descoberta de biomarcadores at\u00e9 a caracteriza\u00e7\u00e3o de bioterap\u00eauticos.<\/p>\n 2. Localiza\u00e7\u00e3o do equipamento<\/b><\/p>\n A plataforma est\u00e1 alocada fisicamente na facilty<\/i> GlycoProteomics and Structural Mass Spectrometry<\/i> (GPS-MS) do Depto. de Parasitologia, Instituto de Ci\u00eancias Biom\u00e9dicas USP, Av. Prof. Lineu Prestes, 1374, Ed. Biom\u00e9dicas 2, sala 48, sob supervis\u00e3o do Prof. Dr. Giuseppe Palmisano. O uso da plataforma ser\u00e1 gerenciado por um sistema de agendamento online<\/b><\/span> por meio da plataforma CEFAP-PLUMA<\/b><\/span>, sendo necess\u00e1ria a submiss\u00e3o do formul\u00e1rio de agendamento com as informa\u00e7\u00f5es sobre o tipo e processamento das amostras (formul\u00e1rio em anexo).<\/p>\n Comit\u00ea Gestor e Comit\u00ea de Usu\u00e1rios<\/b><\/p>\n Comit\u00ea Gestor<\/b><\/p>\n O Comit\u00ea Gestor \u00e9 respons\u00e1vel pelo equipamento, garantindo seu bom funcionamento e acesso aos usu\u00e1rios internos e externos \u00e0 comunidade USP. O comit\u00ea gestor \u00e9 <\/b><\/span>respons\u00e1vel pela instala\u00e7\u00e3o, controle de acesso e aloca\u00e7\u00e3o de tempo de uso. Para esse equipamento o seguinte comit\u00ea gestor \u00e9 composto pelo pesquisador respons\u00e1vel pelo projeto e os tr\u00eas pesquisadores associados:<\/p>\n Titulares:<\/p>\n Prof. Dr. Giuseppe Palmisano – Depto. Parasitologia – ICB-USP<\/p>\n Prof. Dr. F\u00e1bio C. Gozzo – Instituto de Qu\u00edmica – Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)<\/p>\n Profa. Dra. Suely Kazue Nagahashi Marie – Faculdade de Medicina – USP<\/p>\n Dra Claudia Blanes Angeli – Depto. Parasitologia – ICB-USP<\/p>\n Suplente<\/p>\n Prof. Dr. Gustavo H. Goldmann – Faculdade de Ci\u00eancias Farmac\u00eauticas de Ribeir\u00e3o Preto – Universidade de S\u00e3o Paulo (USP)<\/p>\n Comit\u00ea de Usu\u00e1rios<\/b><\/p>\n O Comit\u00ea de Usu\u00e1rios \u00e9 formado por membros que de fato utilizam o equipamento. O comit\u00ea tem a fun\u00e7\u00e3o de ouvir os usu\u00e1rios, garantindo suas demandas frente ao uso do equipamento, levando cr\u00edticas e sugest\u00f5es ao Comit\u00ea Gestor e, eventualmentepodendo levar essas cr\u00edticas ao conhecimento da Diretoria do ICB – USP.<\/p>\n Titulares:<\/p>\n Prof. Dr. Claudio R. F. Marinho – ICB-USP, Depto. de Parasitologia<\/p>\n Prof. Dr. Fernando R.de Moraes Abdulkader – ICB-USP, Depto de Fisiologia e Biof\u00edsica<\/p>\n Profa. Dra. Maria Lucia Cardillo Corr\u00eaa Giannella – Faculdade de Medicina (FM), USP<\/p>\n Suplente:<\/p>\n Dra. Sueli Mieko Oba Shinjo – Faculdade de Medicina – USP<\/p>\n Crit\u00e9rios para Uso do Equipamento<\/b><\/p>\n O acesso \u00e0 plataforma ser\u00e1 regulado de acordo com as seguintes diretrizes:<\/p>\n Agendamento dos equipamentos da plataforma<\/b>\u00a0GPS-MS<\/b><\/p>\n O agendamento \u00e9 realizado em 4 etapas, listadas abaixo:<\/p>\n 1. Preenchimento do formul\u00e1rio, no site https:\/\/sites.usp.br\/proteomics\/<\/span>, \u00a0\u00a0DOWNLOAD DO FORMUL\u00c1RIO DE AGENDAMENTO<\/b><\/a><\/p>\n 2. Envio do formul\u00e1rio para gpsms@icb.usp.br e aguarde a confirma\u00e7\u00e3o do recebimento e o valor a ser pago pelo servi\u00e7o solicitado<\/p>\n 3. Efetuar o pagamento referente ao valor das an\u00e1lises solicitadas e enviar o comprovante para\u00a0gpsms@icb.usp.br<\/p>\n 4. Aguarde o recebimento da confirma\u00e7\u00e3o e data de entrega das amostras.<\/p>\n Identifica\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas:<\/b>\u00a0As an\u00e1lises de identifica\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas ser\u00e3o realizadas em fluxo cont\u00ednuo. Os formul\u00e1rios enviados pelos usu\u00e1rios ser\u00e3o avaliados e caso a proposta seja aceita, as amostras dever\u00e3o ser entregues na data combinada. Para a entrega dos resultados ser\u00e1 fornecida a lista de prote\u00ednas identificadas, atrav\u00e9s da busca em banco de dados, junto com um documento contendo as informa\u00e7\u00f5es referentes aos par\u00e2metros de an\u00e1lise. Os resultados referentes \u00e0 an\u00e1lise de proteoma total incluir\u00e3o uma an\u00e1lise de quantifica\u00e7\u00e3o comparativa entre as diferentes amostras (controle x experimentais) utilizando software espec\u00edfico. O usu\u00e1rio poder\u00e1 solicitar a aquisi\u00e7\u00e3o com m\u00e9todo DDA ou DIA. O utilizo de outros softwares, an\u00e1lises especificas, ou quaisquer informa\u00e7\u00f5es adicionais ser\u00e3o cobradas separadamente.<\/p>\n Resultados de identifica\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas:<\/b><\/p>\n Dados DDA: para a identifica\u00e7\u00e3o e quantifica\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas realizamos a busca em bancos de dados de prote\u00ednas (NCBInr -http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/protein\/ e\u00a0Uniprot \u2013\u00a0http:\/\/www.uniprot.org\/) atrav\u00e9s do software Proteome Discovery vers\u00e3o 1.4 (Thermo Scientific) utilizando a ferramenta de busca SEQUEST (http:\/\/fields.scripps.edu\/sequest\/), que correlaciona os espectros de MS2 de pept\u00eddeos composto por sequ\u00eancia de amino\u00e1cidos com as sequ\u00eancias depositadas nos respectivos bancos.<\/p>\n Dados DIA: para a identifica\u00e7\u00e3o e quantifica\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas realizamos a busca em bancos de dados de prote\u00ednas utilizando o software DIANN.<\/p>\n Armazenamento de dados p\u00f3s an\u00e1lise<\/b><\/b><\/p>\n Os dados brutos ser\u00e3o enviados ap\u00f3s a an\u00e1lise, por link do GoogleDrive e devem ser baixados no prazo de uma semana. Os usu\u00e1rios s\u00e3o respons\u00e1veis pelo seu armazenamento dos dados brutos, que muitas vezes s\u00e3o solicitados nas publica\u00e7\u00f5es. Uma vez que temos uma limita\u00e7\u00e3o no armazenamento, tanto fisicamente como em nuvem,\u00a0\u00a0armazenaremos os arquivos de extens\u00e3o .RAW at\u00e9 um ano ap\u00f3s a data da an\u00e1lise.\u00a0<\/span>Passado um ano os dados ser\u00e3o permanentemente apagados.<\/p>\n Preparo de amostras de Bandas de Gel e Prote\u00edna em Solu\u00e7\u00e3o<\/b><\/b><\/p>\n N\u00e3o realizamos a digest\u00e3o de amostras\u00a0de Bandas de Gel e Prote\u00edna em Solu\u00e7\u00e3o. O preparo de amostra \u00e9 responsabilidade do pr\u00f3prio usu\u00e1rio. Abaixo disponibilizamos alguns protocolos para extra\u00e7\u00e3o, digest\u00e3o e dessaliniza\u00e7\u00e3o dessas amostras\u00a0a serem enviadas. O planejamento de protocolos espec\u00edficos poder\u00e1 ser efetuado em conjunto com a equipe da facilidade GPS-MS.<\/p>\n Ainda, para aqueles usu\u00e1rios que n\u00e3o conseguirem fazer a dessaliniza\u00e7\u00e3o das amostras, forneceremos esse servi\u00e7o mediante o acr\u00e9scimo de R$ 40 por amostra*.<\/p>\n Aten\u00e7\u00e3o:<\/b>\u00a0No processo de lise celular e de tecidos, extra\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas e rea\u00e7\u00f5es de imunoprecipita\u00e7\u00e3o, muitas vezes s\u00e3o utilizados reagentes incompat\u00edveis com a t\u00e9cnica de espectrometria de massas, tais como\u00a0Chaps, Triton, PEG, NP-40<\/b>,\u00a0SDS,<\/b>\u00a0entre outros detergentes. Esses reagentes, al\u00e9m de causarem danos ao equipamento, suprimem o sinal anal\u00edtico, ligam-se de forma permanente \u00e0 coluna cromatogr\u00e1fica, contaminando todo o sistema. Para qualquer an\u00e1lise \u00e9 necess\u00e1rio especificar os tamp\u00f5es utilizados nos protocolos de extra\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas, imunoprecipita\u00e7\u00e3o e digest\u00e3o.\u00a0Em caso de amostras mal digeridas e\/ou contendo contaminantes que danifiquem o sistema, o usu\u00e1rio dever\u00e1 arcar com os custos de aquisi\u00e7\u00e3o de uma nova coluna e pre-coluna cromatogr\u00e1fica.<\/span><\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Descri\u00e7\u00e3o do equipamento A plataforma de Espectrometria de Massas da facility GlycoProteomics and Structural Mass Spectrometry (GPS-MS) \u00e9 constitu\u00edda por dois espectr\u00f4metros de massas: 1. Thermo Scientific Orbitrap AscendTM acoplado ao sistema de cromatografia l\u00edquida Thermo Scientific Vanquish Neo, sendo … Continue reading ![\"\"](\"https:\/\/sites.usp.br\/proteomics\/wp-content\/uploads\/sites\/38\/2025\/12\/image3.png\")
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