O Programa Fisiopatologia Experimental entrou em funcionamento em 1996, fruto da iniciativa e empenho do Prof. Gregorio Santiago Montes (1953 – 2003) para criar um programa de pós-graduação que fosse aberto a todos os profissionais que se dediquem à criação de conhecimento na área da saúde e não somente a médicos como eram, à época, os outros programas da unidade.
O Prof. Gregorio teve a sensibilidade de promover a interdisciplinaridade na FMUSP, visto que quanto mais o conhecimento avança, menos nítidas se tornam as fronteiras do conhecimento. Para dar apenas dois exemplos: moléculas e psicologia estão mais próximas do que nunca, e as questões do Meio Ambiente só podem ser entendidas com a integração dos aspectos da biomédicos, sociais e econômicos.
O Programa Fisiopatologia Experimental desempenha um papel relevante na instituição: foram defendidas 655 Dissertações de Mestrado e 323 Teses de Doutorado desde a sua criação, em 1996, até 2023.