Análise Metagenômica de Comunidades Microbianas Usando Plataformas Web

• Carga horária: 8 h
• Objetivos: O minicurso visa fornecer aos participantes uma noção descomplicada dos fundamentos da bioinformática aplicado a estudos de metagenômica com a utilização de plataformas em nuvem. Ao fim do curso o estudante poderá aplicar os conhecimentos obtidos para mensurar dados, gerar respostas biológicas e enriquecer o conhecimento das principais etapas na mineração de dados biológicos.
• Conteúdo: O conteúdo durante o curso será prático-teórico, ou seja, irá englobar noções teóricas ao decorrer do uso de ferramentas práticas.
• Programação:

Introdução ao minicurso e apresentação da plataforma KBase.
Obtenção de métricas básicas da qualidade dos dados de sequenciamento. Ferramenta: FastQC.
Remoção de adaptadores de sequenciamento e pré-processamento de sequências brutas. Ferramentas: Trimmomatic.
Classificação taxonômica de reads metagenomicos. Ferramentas: Kaiju.
Análise estatísticas e visualização de dados microbianos. Ferramentas: SHAMAN
Montagem denovo de metagenomas. Ferramentas: Megahit.
Montagem de genomas a partir de metagenomas (MAG’s). Ferramenta: MetaBAT2.
Análise da qualidade dos genomas e MAG’s. Ferramentas: CheckM.
Classificação taxonômica de MAG’s. Ferramentas: GTDBtk.
10. Anotações funcionais de MAGs. Ferramentas: RASTtk e DRAM.
Considerações finais.