O MSP possui um Departamento de Saúde em cada província e em suas áreas internas de saúde que são distritos de população geográfica. Essas áreas funcionam como unidades de desconcentração programática, administrativa e orçamentária das quais dependem os serviços básicos de saúde.
A partir de 2010, com a emissão da nova estrutura territorial equatoriana, está ocorrendo uma reorganização que teria coincidência territorial pelo para as áreas de saúde, educação e inclusão social. O país está sendo estruturado em regiões, províncias, distritos e circuitos.
O MSP também exerce a reitoria de entidades de saúde, concedendo a licença de operação a empresas públicas e privadas de saúde e medicina pré-paga. Além do MSP, várias entidades participam da supervisão e regulamentação, de acordo com seu campo de competência, da atividade das diferentes instituições que compõem o sistema de saúde no Equador. A Controladoria Geral do Estado é responsável, no campo financeiro, pelo controle de hospitais e unidades médicas, e examina e avalia a gestão financeira, administrativa e operacional das entidades nas quais o Estado tem participação. A Superintendência de Empresas autoriza o estabelecimento de entidades de medicina pré-paga e a Superintendência de Bancos e Seguros (SBS) exerce controle sobre as unidades médicas do IESS, de acordo com a Lei de Seguridade Social. A inclusão do SBS como órgão de controle no sistema de saúde é um produto da Lei de Seguridade Social de 2001.
http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0036-36342011000800013