A constituição do SNIS e do FONASA viabilizou a consolidação do papel gestor exercido pelo Ministério da Saúde Pública e o Conselho Nacional de Saúde ( JUNASA), atráves da assinatura de contratos de desempenho com prestadores públicos e privados que regulam sua prestação de serviços e garantem a qualidade da atenção
As cláusulas fundamentais promovem os serviços de saúde baseados na atenção primária, determinam as garantias explicitas do Plano Integral de Atenção à Saúde e estabelecem metas de prestação de serviço para avaliar o desempenho segundo as prioridades definidas pelo Ministério da Saúde Pública.
Esses acordos dispõem sobre sanções na eventualidade de os prestadores não cumprirem a entrega dos benefícios contratuais, de modo a assegurar a integralidade e sustentação das mudanças nos modelos de atenção e gestão. O monitoramento está sob a responsabilidade de um órgão de inspeção exclusivo.
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