A sub-bacia do Rio do Quilombo drena parte dos municípios de São Carlos e Descalvado e possui uma área aproximada de 418 km².
É a sub-bacia que ocupa a maior área do município de São Carlos, sendo considerada pelas autoridades locais como Zona de Interesse Turístico e de produção agrícola pelo Plano Diretor Municipal.
Dada a relevância hidráulica desta sub-bacia pelo seu potencial de geração de energia elétrica, foram construídas duas barragens no Rio do Quilombo (Represa do Bom Retiro e Represa da Barra) e uma no seu afluente, Ribeirão dos Negros (Represa do 29), para estocagem de água e funcionamento da Usina Hidrelétrica Capão Preto.
O Rio do Quilombo nasce nas proximidades da Capela de Nossa Senhora Aparecida da Babilônia, no município de São Carlos (próximo à rodovia SP-215, que liga São Carlos a Descalvado), e percorre uma extensão de aproximadamente 40 km em direção ao distrito de Santa Eudóxia, até desembocar Rio Mogi-Guaçu, divisor geográfico dos municípios de São Carlos e Luiz Antônio.
Fonte: ALMEIDA, Rita C. A História da Paisagem Contada pela Memória de Velhos: a História Oral como ferramenta para a recuperação da memória da paisagem do Município de São Carlos/SP. Universidade Federal de São Carlos, Departamento de metodologia de Ensino. São Carlos, 2010. (Relatório do projeto de PÓS DOC JR, bolsa concedida pelo CNPq)