O Programa foi criado na década de 1970 com docentes oriundos do Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da Universidade de São Paulo que, naquele momento, se qualificavam cientificamente, em especial, nos Programas de Pós-Graduação do Instituto de Química, da Faculdade de Medicina ou Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia/USP. Fizeram juntos um trabalho árduo ao longo do tempo, sempre pautado na excelência científica e na diversificação de linhas de pesquisa das Análises Clínicas e Toxicológicas, para que o Programa de Pós-Graduação em Farmácia (Análises Clínicas) se tornasse o primeiro Programa da área de Farmácia com nota 7 na avaliação Capes em 2010. Em seguida, em 2014, o Programa de Pós-Graduação em Farmácia (Análises Clínicas), iniciou o processo de fusão com o Programa de Pós-Graduação em Toxicologia e Análises Toxicológicas, o qual havia se recuperado de avaliação 3 na CAPES, e havia recebido nota 5 neste momento, e estava em franca progressão. No entanto, os orientadores do Programa compreenderam naquele momento a necessidade de fusão de ambos os Programas do mesmo Departamento da FCF/USP para que houvesse crescimento científico e tecnológico, os quais resultariam em maior visibilidade ao Programa e progressos na formação qualificada na pós-graduação. Esta iniciativa foi cuidadosamente abordada pelos coordenadores dos Programas com o apoio da chefia de departamento.