Pesquisas

Apresentação

Bem-vindo ao Grupo de Bioinformática da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto!

Somos um grupo, liderado pela Profa. Dra. Silvana Giuliatti, no Programa de Pós-Graduação em Genética no Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, que se concentra em bioinformática estrutural e biologia computacional.

A pesquisa em nosso laboratório de bioinformática se concentra, principalmente, na compreensão das bases moleculares de como os complexos macromoleculares e as redes celulares operam, analisando as redes de interação de biomoléculas com a ajuda de estruturas 3D. O objetivo do grupo é realizar pesquisa e educação relacionadas à bioinformática com ênfase na bioinformática estrutural para melhorar a compreensão dos sistemas biológicos. Este entendimento aborda a pesquisa em evolução, estrutura, função e interação de proteínas, funções e interações de transcritos não codificantes, e suas relações com doenças com foco em demências.

Devido aos avanços contínuos em sequenciamento e outras tecnologias “ômicas”, a biologia está passando por uma revolução de big data. As muitas iniciativas de sequenciamento do genoma forneceram uma lista quase completa dos componentes presentes em um organismo, e os projetos pós-genômicos objetivaram catalogar as relações entre eles. O campo emergente da bioinformática estrutural está agora centrado principalmente em desvendar essas relações e tentar usar as informações que elas contêm para impulsionar novas aplicações médicas.

Tópicos de pesquisa

Os principais interesses de pesquisa do grupo são:

• Modelagem de proteínas: A função biológica de uma proteína é totalmente dependente de sua estrutura 3D nativa. Em nosso laboratório, modelamos proteínas in silico para prever as estruturas secundárias e terciárias de proteínas, contribuindo para o compreensão das funções de interações de proteínas.
• Modelagem de RNAs não codificadores: Assim como as proteínas, as funções dos RNAs não codificadores estão totalmente ligadas da sua estrutura 3D. O conhecimento da estrutura dos RNAs não codificadores possibilita o entendimento de seus mecanismos, sendo que, esse tipo de RNA pode atuar em diferentes processos celulares.
• Docking molecular: O docking molecular é uma ferramenta chave na biologia estrutural e no design de medicamentos. O objetivo do docking proteína-ligante é prever modos de ligação predominante de um ligante com uma proteína de estrutura 3D conhecida ou predita.
• Virtual screening: O virtual screening é uma técnica computacional usada na descoberta de drogas para pesquisar bibliotecas de pequenas moléculas a fim de identificar aquelas estruturas que têm maior probabilidade de se ligar a um alvo, normalmente um receptor de proteína ou enzima.
• Dinâmica molecular: A dinâmica molecular é um método de simulação computacional para analisar os movimentos físicos de átomos e moléculas, podendo ser usada para explorar o espaço conformacional e é frequentemente o método de escolha para moléculas grandes, como proteínas.
• Predição de interação de microRNAs: Devido ao potencial de um miRNA ter como alvo múltiplos transcritos, os miRNAs são reconhecidos como o principal mecanismo para regular a expressão gênica e a tradução do mRNA. A predição computacional de alvos de miRNA é uma etapa inicial crítica na identificação de interações de alvo de mRNA para validação experimental.

Colaborações

Nosso grupo possui colaborações e projetos de pesquisa com universidades brasileiras e estrangeiras. Nossas colaborações atuais estão listadas abaixo:

Dr. Willian Orlando Castillo Ordoñez – Departamento de Biologia – Universidade de Cauca – Colombia