Em 1996 foi criada a Superintendência de Saúde (SS) para apoiar o Conselho Nacional de Saúde com o objetivo de aumentar a eficiência dos recursos destinados a atenção de saúde. Realiza supervisão, auditoria e controle técnico das entidades prestadores de serviços de saúde.
O Ministério da Saúde Pública e Bem-Estar Social (MSPyBS), como unidade governamental, estabelecem as políticas de saúde e possibilitam os programas de saúde de acordo com a real necessidade de saúde da população. Ele tem o papel de nortear os programas e atividades do setor para orientar e regular as ações públicas e privadas que tenham impacto na saúde individual e coletiva. O MSPyBS desenvolve funções de administração, provisão e financiamento. O IPS e o setor privado realizam seguros, provisão e financiamento.
A Dirección General de Vigilancia de la Salud (DGVS) e a Dirección General de Programas de Salud (DGPS) são responsáveis pela vigilância, prevenção e controle das doenças da MSPyBS.
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