O setor público do MSPyBS é financiado pelo Tesouro Público e pelas doações da cooperação externa.
O financiamento do IPS vem dos empregados (14% do salário), da contribuição dos afiliados (9% do salário ao máximo) e do Estado (1,5%). Alguns grupos possuem promoções, como professores de escolas e universidades (tanto privadas como públicas), esses contribuem com 5,5% do seu salário, enquanto as instituições educacionais contribuem com 2,5% de suas declarações. Os freelancers colaboram com 8% da sua renda. Domésticos contribuem com 3% dos seus salários, enquanto o empregador com 5%. Os aposentados cooperam com 5% de suas pensões.
A Sanidade Militar e Policial, também do setor público, é financiado pelo Tesouro Nacional e pela contribuição dos afiliados. Os recursos da Saúde da Polícia vêm em 95% do Tesouro e 5% de recursos institucionais.
Já o setor privado é financiado principalmente com despesas diretas. Em 2006 o gasto em saúde foi de 6,0% do PIB do país. Sendo que mais da metade (59,9%) dos gastos totais são privados, levando apenas 40,1% das despesas públicas. Cerca de 1,6% dos gastos com saúde vem de fontes externas.
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