Os Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (Cepid) desenvolvem pesquisas fundamentais ou aplicadas com impacto comercial e social relevante. Também têm como missão difundir conhecimento científico para professores e alunos dos ensinos fundamental e médio e para o público geral. A terceira contribuição dos Cepids é promover inovação e transferir conhecimentos para o setor público, na forma de auxílio às políticas publicas, ou para o setor privado, como no caso de novas tecnologias. Os Cepids são financiados pela Fapesp e pelas instituições que coordenam os grupos de pesquisa, como a Universidade de São Paulo.

Em 1999, foi lançado o primeiro edital do programa e selecionados 11 Cepids. Eles receberam financiamentos de R$ 260 milhões para desenvolver trabalhos entre 2000 e 2012. Em junho de 2013, oito desses centros foram aprovados para a segunda fase do programa, junto com 9 novos grupos. No total, os 17 Cepids atuais recebem investimentos de R$ 760 milhões da Fapesp, com contrapartidas de R$ 640 milhões das universidades e instituições de pesquisa, em projetos com duração de até 11 anos.

A USP participa de 15 dos 17 centros, sendo a instituição-sede de 11 deles:

Centro de Estudos da Metrópole (CEM)

Centro de Pesquisa e Inovação em Biodiversidade e Fármacos (CIBFar)

Centro de Pesquisa em Alimentos (FoRC)

Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias (CRID)

Centro de Pesquisa em Matemática Aplicada à Indústria (CeMEAI)

Centro de Pesquisa em Processos Redox em Biomedicina (Redoxome)

Centro de Pesquisa sobre o Genoma Humano e Células-Tronco (HUG-CELL)

Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática (Neuromat)

Centro de Pesquisas em Óptica e Fotônica (CePOF)

Centro de Terapia Celular (CTC)

Centro para o Estudo da Violência (NEV)