O Regulamento da Pós-graduação no PEQ-EPUSP tem três níveis hierárquicos:

1. Regulamento do Programa de Pós-graduação
2. Regimento da Pós-graduação na Escola Politécnica
3. Regimento da Pós-graduação na Universidade de São Paulo

Alunos e orientadores são encorajados a pesquisar esses três documentos para esclarecer dúvidas sobre procedimentos e prazos da pós-graduação.  

Órgãos e comissões: 

CCP: Comissão Coordenadora do Programa, composta por 5 orientadores e 1 representante discente, eleitos pelos pares e com suplentes. É presidida pelo coordenador do programa e, na sua ausência, pelo coordenador suplente. A Secretaria do PEQ-EPUSP assessora as atividades de pós-graduação no programa e está localizada no Bloco 18. 

CPG: Comissão de Pós-graduação da Escola Politécnica, composta pelos coordenadores dos programas da EPUSP e por 2 representantes discentes. Presidente e vice-presidente da CPG são eleitos pela Congregação da EPUSP. A Secretaria de Pós-graduação da EPUSP assessora as atividades de pós-graduação na unidade.

PRPG: Na Pró-Reitoria de Pós-graduação da USP, o Conselho de Pós-Graduação é presidido pelos Pró-reitores e composto pelos presidentes das CPGs das unidades da USP. Fazem parte da PRPG as Câmaras Curricular, de Avaliação, e de Normas e Recursos.