O Laboratório de Arqueologia e Antropologia Ambiental e Evolutiva (LAAAE-USP) abriga um valioso acervo arqueológico.

Todo o material arqueológico escavada do sítio Lapa do Santo desde 2011 encontra-se guardado no LAAAE. Este acervo conta com 16 sepultamentos humanos do Holoceno Inicial além de milhares de ossos de fauna, artefatos líticos, conchas, carvão, sementes e amostras de sedimento. Esse material é utilizado para fomentar a pesquisa do modo de vida nos primeiros brasileiros e gera anualmente inúmeros oportunidades projetos para alunos e mestrado e doutorado. Uma descrição detalhada deste acervo está disponível no site da Lapa do Santo bem como no respectivo verbete na Wikipedia.

Outra coleção importante são os remanescentes esqueléticos humanos do sítio arqueológico de Caixa d’Àgua em Buritizeiros.