Todo o material arqueológico escavado do sítio Lapa do Santo desde 2011 encontra-se guardado no LAAAE. Este acervo conta com 16 sepultamentos humanos do Holoceno Inicial além de milhares de ossos de fauna, artefatos líticos, conchas, carvão, sementes e amostras de sedimento. Esse material é utilizado para fomentar a pesquisa sobre o modo de vida nos primeiros brasileiros, gerando anualmente inúmeras oportunidades de projetos para alunos de mestrado e doutorado.
Uma descrição detalhada deste acervo está disponível no site da Lapa do Santo bem como no respectivo verbete na Wikipedia.