A Comissão Permanente de Avaliação, conforme estipulado no Artigo 202 do Regimento Geral da USP, detém a competência para coordenar e organizar os processos de avaliação docente e institucional na Universidade de São Paulo, seguindo as diretrizes estabelecidas pelo Conselho Universitário. Suas responsabilidades incluem a avaliação dos Departamentos, Unidades, Museus e Institutos Especializados. No âmbito de suas atribuições, a CPA desempenha um papel crucial na Avaliação Institucional da USP, propondo diretrizes para esse propósito e fornecendo dados e análises qualitativas ao Reitor e ao Conselho Universitário. Essa contribuição visa oferecer uma visão abrangente e embasada sobre o desempenho da Universidade em relação às suas finalidades.

A Comissão Especial de Regimes de Trabalho, conforme estabelecido no inciso XI do artigo 34 do Estatuto da USP, desempenha o papel de supervisão e fiscalização dos regimes de trabalho dos docentes da Universidade de São Paulo. Suas atribuições incluem lidar com questões relacionadas a ingressos, reingressos, permanências, exclusões, licenças, afastamentos, credenciamentos para atividades simultâneas, transferências, nomeações, contratos, renovações de contratos e alterações nos regimes de trabalho do corpo docente da instituição.

As Congregações representam os órgãos consultivos e deliberativos mais elevados das Unidades Acadêmicas. Esta instância tem autoridade sobre o Conselho Técnico Administrativo, os Conselhos de Departamentos e as Comissões Estatutárias (Graduação, Pós-Graduação, Pesquisa e Cultura e Extensão Universitária), além de outras que possam ser designadas pela Diretoria mediante deliberação. É composta pelo Diretor, que atua como presidente, o Vice-Diretor, os Presidentes das Comissões Estatutárias, os Chefes de Departamentos e representantes dos segmentos docente (Professores Titulares, Associados, Doutores, Assistentes e Auxiliares de Ensino), discente (graduação e pós-graduação) e servidores não-docentes.

O Conselho Técnico-Administrativo é responsável pelas funções decisórias de natureza administrativa internas às Unidades Acadêmicas. As atribuições do CTA, conforme estabelecidas no artigo 41 do Regimento Geral da USP, englobam uma variedade de responsabilidades, tais como aprovar o orçamento da Unidade, opinar sobre a criação, modificação e extinção de Departamentos, e propor à Congregação a criação de cargos e funções docentes, quando solicitado pelos Conselhos de Departamentos. Além disso, o CTA delibera sobre contratação, relotação, afastamento e dispensa de docentes, propostos pelos Departamentos, e também decide sobre afastamento e dispensa de servidores não-docentes, conforme propostas dos Departamentos ou do Diretor.

O Departamento representa a menor unidade na estrutura universitária, desempenhando a função de elaborar e promover os programas de Ensino, Pesquisa e Extensão Universitária. A liderança do Departamento é confiada a um chefe escolhido entre os membros do Conselho de Departamento. Este conselho é composto por professores titulares, representantes de outras categorias docentes e representantes discentes.