Criado em 1976, o programa de pós-graduação do Departamento de Parasitologia é um dos principais formadores de docentes e pesquisadores em Parasitologia e Medicina Tropical no Brasil. Tem suas origens na notável escola parasitológica de Samuel Pessoa e treinou centenas de pesquisadores que hoje ocupam posição de liderança na especialidade no cenário científico nacional e internacional. Desde 2001 é reconhecido como programa de excelência pela CAPES.

Para corresponder às demandas transdisciplinares da Parasitologia contemporânea, o programa reúne projetos de pesquisa que envolvem parasitos, bactérias, vírus e artrópodes de importância médica humana e veterinária, assim como espécies não-patogênicas, algumas de vida livre. Refletindo sua diversidade temática, recebe hoje o nome de Programa de Pós-Graduação em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro. A maior parte dos docentes em atividade no Departamento de Parasitologia do ICB-USP pertence ao corpo de orientadores permanentes do programa, que também conta com renomados especialistas externos.