O Departamento é responsável pelo ensino de Parasitologia a 500 alunos de graduação da USP, provenientes dos seguintes cursos: Medicina, Medicina Veterinária, Farmácia e Bioquímica (diurno e noturno), Nutrição (diurno e noturno), Odontologia (diurno e noturno), Enfermagem, bacharelado em Ciências Fundamentais da Saúde e, a partir de 2012, Ciências Biomédicas e Obstetrícia. Participa, ainda, do curso de bacharelado em Ciências Moleculares.

Além das disciplinas formais, o Departamento de Parasitologia fornece estágio regular, em atividade de pesquisa, para dois cursos de graduação da USP voltados para a formação de cientistas, os bacharelados em Ciências Moleculares e em Ciências Fundamentais da Saúde.

Os alunos de graduação têm acesso a estágios de curta duração em pesquisa e assistência, na área de doenças parasitárias e tropicais, no Centro Avançado de Pesquisa em Monte Negro, Rondônia, e no laboratório de campo em Acrelândia, Acre.