O Departamento de Parasitologia desenvolve intensa atividade de assessoria científica, como a avaliação de artigos e de projetos de pesquisa, organiza congressos, cursos, simpósios e seminários em São Paulo, outros estados do Brasil bem como em outros países. Seus docentes participam de numerosas bancas examinadoras de doutorado, mestrado e de concursos públicos em outras instituições brasileiras e do exterior.

O Centro Avançado de Pesquisa em Monte Negro, Rondônia, estabelecido em fevereiro de 1997, proporciona assistência médica e odontológica gratuita à população do município. O Departamento mantém um docente vinculado a esse centro, que coordena as atividades assistenciais e de pesquisa. Ações de promoção e educação em saúde e de assistência médica são também realizadas, desde 2004, no laboratório de campo mantido pelo Departamento no município de Acrelândia, Acre, em colaboração com a Universidade Federal do Acre.

O Departamento de Parasitologia participa dos eventos anuais “ICB aberto à escola” e “Universidade e as Profissões”, que permitem que alunos do ensino médio acompanhem atividades desenvolvidas em seus diferentes laboratórios e interajam com docentes, técnicos e alunos de pós-graduação e de iniciação científica da USP. O Departamento também participa da feira “USP e as Profissões”, centrado em alunos em fase de vestibular. Nessa feira, encontram-se exposições e apresentações práticas e teóricas acerca das diversas áreas profissionais.