O Departamento de Parasitologia destaca-se pela produção científica de qualidade, reconhecida internacionalmente. A partir do final da década de 1980, sob a liderança de Erney Camargo, o Departamento retomou sua posição de liderança nacional, com o recrutamento de bioquímicos, biólogos moleculares, imunologistas e epidemiologistas para seu corpo docente. Todos os atuais docentes mantêm laboratórios de pesquisa com amplo financiamento externo. Mais da metade recebe bolsa de produtividade científica do CNPq.

O Departamento participa de quatro Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCTs) do CNPq (Entomologia Molecular, Vacinas, Biotecnologia Estrutural e Química Medicinal em Doenças Infecciosas e Genética Médica Populacional), além de grandes redes de pesquisa financiadas pelo CNPq, CAPES e FINEP, com foco em malária, leishmanioses e dengue. No âmbito internacional, o Departamento coordena estudos sobre tripanossomatídeos e a malária na África, financiados pelo programa Pró-África do CNPq, além de participar de projetos financiados pela Comunidade Europeia, Organização Mundial da Saúde, Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas dos Estados Unidos e Fundação Bill e Melinda Gates. Sedia o componente brasileiro de um dos Centros de Excelência em Pesquisa em Malária financiados pelo Instituto Nacional de Alergia e Doenças Infecciosas dos Estados Unidos.