POLÍTICA DE USO
Equipamento: Servidor Boto
O servidor Boto é um equipamento multiusuário (EMU) adquirido com verba FAPESP (Projeto Temático 2016/18740-9). Este equipamento, com 64 núcleos de processamento (quatro processadores E7-4850v4) 512 GB de RAM (16 memórias HPE 32GB 2Rx4 PC4-2400T-R) e rodando Red Hat Enterprise Linux v. 7.5, foi instalado em ambiente especialmente adaptado para esta finalidade no Laboratório de Genômica e Bioinformática em Parasitologia, coordenado pelo Prof. Dr. João Marcelo P. Alves e localizado no Edifício Biomédicas 2 do ICB-USP, sala 40, andar térreo (tel. 2648-8297).
A sua utilização é restrita a análises de bioinformática e matemáticas que tenham como intuito entender problemas biológicos.
Este equipamento é destinado , gratuitamente, à comunidade do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB) da USP até julho de 2019; após esta data, existe a possibilidade de abertura para outras Unidades da USP.
NORMAS DE ACESSO E USO
Cadastro de grupos de pesquisa e usuários
O pedido de acesso ao servidor deve ser feito através de formulário próprio, inicialmente com o cadastro do Professor responsável pelo grupo de pesquisa. Cada usuário deverá então solicitar a criação de sua conta no servidor, no formulário de pedido de conta, indicando o grupo de pesquisa ao qual pertence. O número de contas de usuários associadas ao cadastro do Professor responsável será de no máximo cinco usuários por grupo, inicialmente.
Ao abrir uma conta (ou seja, ao receber um nome de usuário e uma senha), o usuário declara acordo total e incondicional com as políticas estabelecidas
neste documento, além de conhecimento prévio das instruções de acesso e uso dos sistemas disponíveis no servidor.
Cada conta cadastrada no sistema possui uma senha de acesso e é definida pelo usuário no primeiro acesso. A conta é estritamente pessoal e
intransferível, o que implica que a senha e o acesso à conta não podem ser compartilhados com nenhum outro indivíduo ou organização, salvo quando houver autorização explícita e documentada do Comitê Gestor.
Os usuários devem estar cientes que o uso indevido do equipamento (ou seja, em desacordo com estas normas de uso) pode acarretar em exclusão da conta, sem aviso prévio, e o usuário poderá ser proibido de ter outra conta neste servidor.
Uso de armazenamento em disco
Uma cota máxima de 500 GB de disco será atribuída a cada grupo de pesquisa, sendo este montante compartilhado entre os usuários pertencentes a este grupo. Caso o grupo precise de mais disco para suas análises, de maneira temporária, deverá informar o motivo no formulário ou solicitar por e-mail, posteriormente, um aumento de cota. O aumento dependerá da aprovação pelos comitês gestor e de usuários do servidor. A criação de conta no servidor e a expansão da cota de uso de disco estão condicionadas à existência de espaço disponível para esta finalidade.
O usuário é inteiramente responsável pela realização de cópias de segurança em mídias independentes dos dados referente à sua pasta particular na sua área de trabalho (a área de trabalho é a pasta /home/[nome UNIX do usuário]).
Os usuários que excederem o uso de disco serão notificados por e-mail e, caso não diminuam o uso em 3 dias sem justificativa, a execução dos programas responsáveis pelo problema será interrompida.
Caso a conta seja desativada por motivos diversos (cancelamento da inscrição no servidor, não pagamento da mensalidade, uso indevido do servidor, entre outros) os dados permanecerão guardados no servidor por 6 meses a partir da inativação. Para acesso a esses dados, favor entrar em contato pelo e-mail jotajj@usp.br.
Uso de processadores e memória de trabalho
O uso de processadores e memória de trabalho (RAM) irá inicialmente seguir as regras do bom senso e boa convivência entre usuários, sem controle automatizado dos recursos; reiterados casos de uso demasiado de recursos por longos períodos poderão levar ao estabelecimento de mecanismos rígidos e automáticos de controle.
Como norma razoável, cada usuário deve tentar usar até 25% da capacidade da máquina (16 núcleos e/ou 128 GB de RAM) por períodos prolongados (definidos como acima de 24 horas). Se a máquina já tiver poucos recursos livres (verificável com comandos como uptime, free, df e htop), os limites razoáveis de utilização ditados pelo bom senso são mais baixos. Usos mais intensos por curtos períodos, especialmente quando o servidor está com baixa carga de processamento, são toleráveis mas devem ser feitos com cuidado.
No caso de utilização de um programa complexo pela primeira vez, recomenda-se que o usuário monitore o comportamento do programa quanto ao uso de memória e processamento utilizando ferramentas como o htop, por exemplo, de modo a identificar e corrigir o quanto antes um uso excessivo de recursos.
Os usuários que prejudicarem a coletividade de usuários pelo excesso de uso de processamento e/ou memória RAM serão notificados por e-mail e, caso não diminuam as atividades em 3 dias sem justificativa, a execução dos programas responsáveis pelo problema será interrompida.
Programas e bases de dados já instalados no servidor
O servidor conta com diversos programas de análise bioinformática já instalados globalmente para todo o público usuário mas, dada a diversidade de análises possíveis, a lista não tem como ser exaustiva. A maioria dos programas já instalados o foi com o uso do sistema de gerenciamento LinuxBrew.
O ambiente do usuário pode ser modificado livremente de acordo com as necessidades de uso. Programas que não estejam disponíveis na área pública podem ser compilados/instalados pelo usuário em sua área particular, seja utilizando o LinuxBrew ou outra metodologia, de acordo com a preferência do usuário. De forma excepcional, a compilação/instalação de programas específicos pode ser solicitada ao Comitê Gestor, através de envio de e-mail ao seu coordenador (jotajj@usp.br).
Bases de dados maiores, como por exemplo aquelas do NCBI, que podem facilmente ocupar dezenas de GB de espaço em disco, serão instaladas em áreas de disco de uso comum para todos os usuários (/home/DB) e atualizadas automaticamente com frequência. Caso um usuário tenha necessidade de uma versão específica de uma destas bases genéricas, deverá instalá-la em sua própria área de trabalho, de maneira temporária.
RENOVAÇÃO DA CONTA DO GRUPO DE PESQUISA
As contas atuais ou criadas até junho de 2019 terão validade até o dia 30 de julho de 2019 sem cobrança; após essa data, as contas terão validade de acordo com o plano de pagamento escolhido. Os usuários serão desativados, porém os dados estarão disponíveis para acesso, por requisição, até 6 (seis) meses depois da data de desativação.
O Comitê Gestor do servidor Boto não se responsabiliza por quaisquer falhas de comunicação devido a informação incorreta ou desatualizada nos dados dos usuários.
VALORES E MANUTENÇÃO
Até o dia 30 de julho de 2019 não haverá cobrança de uso do servidor.
Após esta data, serão cobradas taxas de manutenção das contas do servidor, por grupo de pesquisa cadastrado, segundo tabela abaixo.
Instruções para Pagamento: serão enviadas depois da solicitação de cadastro de conta no servidor Boto.
COMITÊ GESTOR
Casos extraordinários ou não previstos nestas regras poderão ser discutidos junto ao Comitê Gestor mediante solicitação via e-mail ao seu coordenador, Prof. Dr. João Marcelo P. Alves (jotajj@usp.br), com cópia para Maria José Menezes (mjmeneze@usp.br).
COMITÊ DE USUÁRIOS
Foi constituído um Comitê de Usuários específico composto por pesquisadores que utilizam o equipamento de modo rotineiro. Cabe aos usuários colaborar com a gestão do equipamento elaborando críticas e sugestões sobre seu uso compartilhado, a serem examinadas pelo Conselho Gestor.
- Prof. Dr. Daniel Y. Bargieri (danielbargieri@gmail.com), Departamento de Parasitologia, coordenador;
- Profa. Dra. Andréa Cristina Fogaça (deafog@usp.br), Departamento de Parasitologia;
- Prof. Dr. Robson Francisco de Souza (robfsouza@gmail.com), Departamento de Microbiologia.