Departamento de Parasitologia – ICB

Departamento de Parasitologia

JOÃO MARCELO PEREIRA ALVES

Fone: (11) 2648-8297
Sala: 40 – Térreo
Email: jotajj@usp.br
Currículo Lattes

Laboratório de Genômica e Bioinformática em Parasitologia

LINHA DE PESQUISA

Filogenia e evolução de genes e genomas de protozoários e bactérias; Bioinformática

O recente sequenciamento e análise de genomas e transcritomas levou ao descobrimento de inúmeros fenômenos biológicos, além da elucidação de diversas questões antes pendentes quanto a evolução, filogenia, biologia celular e molecular em muitos grupos de organismos. No entanto, a amostragem analisada até o momento é bastante difusa, dado o foco de pesquisas anteriores em organismos de importância econômica e, principalmente, médica, prejudicando as análises comparativas necessárias para a determinação do(s) modo(s) de evolução de muitas características de interesse. Nosso objetivo é estudar, utilizando métodos genômicos e transcritômicos comparativos, a estrutura e evolução de genomas de organismos unicelulares. O objeto principal de estudo são os parasitas da família Trypanosomatidae e outros Kinetoplastida, especialmente os não-parasitas, e outros Euglenozoa mais distantes, com o intuito de responder várias questões básicas quanto à biologia destes organismos. Algumas destas questões incluem: distribuição de introns em Euglenozoa; evolução do conteúdo gênico e sua relação com modo de vida (isto é: parasitário, comensal ou de vida livre); pressões seletivas nas diversas classes de genes; reconstrução do potencial metabólico e sua relação com características biológicas; relação entre o complemento gênico de hospedeiro e endossimbionte. O entendimento destes e de outros aspectos contribuirá grandemente para o conhecimento de mecanismos básicos de evolução de organismos e genomas em geral, e de parasitismo em particular, ajudando a entender o que faz um parasita e como melhor combatê-lo. Além disso, avaliamos e desenvolvemos as ferramentas e abordagens bioinformáticas necessárias para a obtenção de nossos objetivos de pesquisa.

PUBLICAÇÕES

Alves, J.M.P.* ; Klein, C.C.* ; da Silva, F.M. ; Costa-Martins, A.G. ; Serrano, M.G. ; Buck, G.A. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Sagot, M.-F. ; Motta, M.C.M. ; Camargo, E.P. (2013). BMC Evolutionary Biology, v. 13, p. 190. PMID: 24015778

Alves, J.M.P. ; Serrano, M.G. ; da Silva, F.M. ; Voegtly, L. ; Matveyev, A.V. ; Teixeira, M.M.G. ; Camargo, E.P. ; Buck, G.A. (2013). Genome Biology and Evolution, v. 5, p. 338. PMID: 23345457

Klein, C.C.* ; Alves, J.M.P.* ; Serrano, M.G. ; Buck, G.A. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Sagot, M.-F. ; Teixeira, M.M.G. ; Camargo, E.P. ; Motta, M.C.M. (2013). PLoS One, v. 8, p. e79786. PMID: 24260300

Ridlon, J.M. ; Alves, J.M. ; Hylemon, P.B. ; Bajaj, J.S. (2013). Gut Microbes, v. 4, p. 1. PMID: 23851335

Alves, J.M.P. ; Voegtly, L. ; Matveyev, A.V. ; Lara, A.M. ; da Silva, F.M. ; Serrano, M.G. ; Buck, G.A. ; Teixeira, M.M.G. ; Camargo, E.P. (2011). PLoS One, v. 6, p. e23518. PMID: 21853145

Harwich, M.D. ; Alves, J.M. ; Buck, G.A. ; Strauss, J.F. ; Patterson, J.L. ; Oki, A.T. ; Girerd, P.H. ; Jefferson, K.K. (2010). BMC Genomics, v. 11, p. 375. PMID: 20540756

Xu, P.* ; Alves, J.M.P.* ; Kitten, T. ; Brown, A. ; Chen, Z. ; Ozaki, L.S. ; Manque, P. ; Ge, X. ; Serrano, M.G. ; Puiu, D. ; Hendricks, S. ; Wang, Y. ; Chaplin, M.D. ; Akan, D. ; Paik, S. ; Peterson, D.L. ; Macrina, F.L. ; Buck, G.A. (2007). Journal of Bacteriology, v. 189, p. 3166. PMID: 17277061

Alves, J.M.P. ; Buck, G.A. (2007). Chemistry & Biodiversity, v. 4, p. 2593. PMID: 18027373

Xu, P. ; Widmer, G. ; Wang, Y. ; Ozaki, L.S. ; Alves, J.M. ; Serrano, M.G. ; Puiu, D. ; Manque, P. ; Akiyoshi, D. ; Mackey, A.J. ; Pearson, W.R. ; Dear, P.H. ; Bankier, A.T. ; Peterson, D.L. ; Abrahamsen, M.S. ; Kapur, V. ; Tzipori, S. ; Buck, G.A. (2004). Nature, v. 431, p. 1107. PMID: 15510150

Alves, J.M.P. ; Gusmão, C.X. ; Teixeira, M.M.G. ; Freitas, D. ; Foronda, A.S. ; Affonso, H.T. (2000). Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 33, n.1, p. 19. PMID: 10625870

PROJETOS/FINANCIAMENTOS

Título: Genômica comparativa de Trypanosomatidae
Duração: 10/2013 a 09/2017
Agência financiadora: FAPESP
Processo número: 13/14622-3

COLABORAÇÕES

  • Alan M. Durham | IME-USP
  • Alejandro M. Katzin, Parasitologia | ICB-USP
  • André Oliveira de Souza Lima | UNIVALI, SC
  • Arthur Gruber, Parasitologia | ICB-USP
  • Erney F. Plessmann de Camargo, Parasitologia | ICB-USP
  • Gregory A. Buck | Virginia Commonwealth University, EUA
  • Jason Ridlon | Virginia Commonwealth University, EUA
  • Karin Kirchgatter | SUCEN e IMT-USP
  • Marcelo Urbano Ferreira, Parasitologia | ICB-USP
  • Maria Cristina Machado Motta | UFRJ, RJ
  • Marta Maria Geraldes Teixeira, Parasitologia | ICB-USP