Em virtude da autonomia e especificidade de suas abordagens, da quantidade de disciplinas ministradas e do número crescente de docentes que nele atuam, o Programa de Pós-Graduação em Arqueologia (PPGArq) foi gradativamente adquirindo maior autonomia até que, em 2004, constituiu-se em um programa independente, com sede no Museu de Arqueologia e Etnologia da Universidade de São Paulo (MAE/ USP).

O PPGArq tem compromisso com uma formação abrangente e completa, com intensa participação em projetos de pesquisa, trabalhos de campo e laboratório. Os laboratórios de pesquisa do MAE/ USP, assim como sua rica biblioteca, oferecem o contexto ideal para o desenvolvimento  das pesquisas. Vários projetos de caráter interdisciplinar propiciam aos/às alunos/as um completo envolvimento com uma Arqueologia  conectada com disciplinas afins, tais como História, Antropologia, Geologia, Biologia, entre outras.

O PPGarq foi, durante muitos anos, a única Pós-graduação em Arqueologia do Brasil e atualmente é nota 6 da CAPES. O nosso programa têm formado profissionais advidnos de todas as partes do Brasil, atendendo uma grande demanda sempre em crescimento. Com o recente aumento no número de núcleos de ensino superior de Arqueologia, o PPGArq MAE/USP reafirma seu compromisso com a excelência, visando a melhor formação possível para profissionais em Arqueologia e Gestão de Recursos Culturais, priorizando sobretudo a qualidade e capacidade técnico-científica dos/as alunos/as.