O programa de Pós-graduação em Arqueologia se articula em torno a três linhas de pesquisa:

2. Arqueologia e Ambiente

Esta linha de pesquisa abrange os estudos espaciais e territoriais, regionais ou locais, e também estudos envolvendo cenários específicos. É o campo, por excelência, das interfaces com disciplinas de outras áreas do conhecimento como a Biologia, Geologia, Geomorfologia, Física, Química e Estatística, o que permite estudos de processos de formação de sítio, arqueometria, geoarqueologia, zooarqueologia, bioarqueologia, paleobotânica e a utilização de sistemas de informação geográfica. Perspectivas de longa duração associadas a estudos paleoambientais e adaptativos em sua relação com a ocupação do espaço e a formação de territórios também se adequam a esta linha, assim como perspectivas antropológicas envolvendo estudos de Paisagem e abordagens etnoarqueológicas.

2. Arqueologia e Identidade

Nesta linha de pesquisa encaixam-se os estudos de caráter histórico e de identidade a partir de contextos de cultura material e iconografia, bem como estudos que dialogam com abordagens historiográficas em geral. É, por excelência, a linha dos estudos clássicos, arqueologia histórica, arte rupestre e abordagens amplas a partir de características culturais abrangentes tais como períodos ou tradições, etc., envolvendo também perspectivas de longa duração ligadas a estudos históricos e linguísticos. Estudos envolvendo migrações, contatos e fronteiras culturais também se encaixam a priori nesta linha, assim como os trabalhos envolvendo estudos mais específicos de cultura material e etnohistória, e mesmo aqueles que investigam padrões de organização sócio-econômica com base na dicotomia entre contextos urbanos e rurais.

3. Arqueologia e Sociedade

A linha de pesquisa abrange a inserção da arqueologia na sociedade contemporânea, o estudo das formas de interpretação e apropriação da arqueologia e do patrimônio arqueológico. Trata-se de campo para os estudos que envolvam a construção da ideia de patrimônio arqueológico (e mesmo a concepção de patrimônio em sentido mais amplo), processos de comunicação e de educação, estudos de coleção e processos curatoriais em museus, o papel dos museus na construção da dimensão pública da arqueologia, questões éticas e políticas públicas e legislação para o patrimônio arqueológico. Esta linha de pesquisa se relaciona, especialmente, com áreas afins como Museologia, Comunicação, Educação, Estudos culturais/de recepção, Documentação Museológica e Tesauro, Conservação Preventiva e Restauro, Educação Patrimonial, Expografia, Musealização e Gestão, NTIC – Nova Tecnologias da Informação e Comunicação, entre outras.