Laboratório de Arqueologia dos Trópicos – ARQUEOTROP
Coordenação: Prof. Dr. Eduardo Neves

Laboratório Interfaces entre Museologias – Comunicação, Mediação, Públicos e Recepção – INTERMUSEOLOGIAS
Coordenação: Profa. Dra. Marília Xavier Cury

Laboratório de Arqueogenética e Antropologia Ambiental e Evolutiva – LAAAE
Coordenação: Prof. Dr. André Strauss

Laboratório de Estudos sobre a Cidade Antiga – LABECA
Coordenação: Profa. Dra. Maria Cristina Nicolau Kormikiari

Laboratório de Microarqueologia – LABMICRO
Coordenação: Profa. Dra Ximena S. Villagran – área de geoarqueologia; Profa. Dra. Jennifer Watling – área de arqueobotânica

Laboratório de Zooarqueologia e Bioarqueologia – LABZB
Coordenação: Profs. Drs. Verônica Wesolowski e Levy Figuti

Laboratório de Pesquisas em Comunicação Museológica – LAPECOMUS
Coordenação: Profa. Dra. Maria Cristina Oliveira Bruno

Laboratório de Pesquisas sobre Museus na América Latina – LAPEMAL
Coordenação: Prof. Dr. Camilo Melo Vasconcellos

Laboratório de Arqueologia da Paisagem e Geoarqueologia – LAPGEO
Coordenação: Profa. Dra. Marisa Coutinho Afonso

Laboratório de Arqueologia Romana Provincial LARP
Coordenação: Profa. Dra. Maria Isabel D’Agostino Fleming e Prof. Dr. Vagner Carvalheiro Porto.

Laboratório Interdisciplinar de Pesquisas em Evolução, Cultura e Meio Ambiente – LEVOC
Coordenação: Prof. Dr. Astolfo Gomes de Mello Araujo

Laboratório de Estudos Interdisciplinares sobre Tecnologia e Território – LINTT
Coordenação: Profa. Dra. Fabiola Andréa Silva